Chùa Hoa Yên là ngôi chùa lớn nhất và quan trọng nhất trong hệ thống chùa tháp trên núi Yên Tử, tọa lạc ở độ cao 535m so với mực nước biển. Chùa có lịch sử hơn 700 năm, ban đầu chỉ là một thảo am nhỏ mang tên Vân Yên, nơi Phật hoàng Trần Nhân Tông tu tập và thuyết pháp sau khi rời bỏ ngai vàng. Đây chính là trung tâm của Thiền phái Trúc Lâm, nơi ba vị sư tổ Trần Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang từng giảng kinh độ tăng. Đến thời vua Lê Thánh Tông, khi ngự giá thăm chùa, thấy cảnh xuân tươi đẹp với hoa nở rực rỡ khắp nơi, nhà vua đã đổi tên chùa từ Vân Yên thành Hoa Yên, nghĩa là hoa trong khói mây. Từ thời Nhị Tổ Pháp Loa, chùa được xây dựng quy mô lớn với tiền đường, thượng điện thờ Phật, nhà phụ, gác chuông, gác trống, tăng phòng và nhà khách, tạo thành một quần thể kiến trúc bề thế. Cuối năm 2002, chùa Hoa Yên được trùng tu với kết cấu hình chữ Quốc theo lối nội công ngoại quốc, kết hợp hài hòa giữa phong cách kiến trúc cổ điển thời Lý Trần và kiến trúc hiện đại. Trong khuôn viên chùa hiện còn lưu giữ nhiều hiện vật quý giá gồm bia đá, tháp cổ và tượng Phật từ thời Trần và thời Lê. Du khách có thể đến chùa Hoa Yên bằng cáp treo tuyến Hoàng Long từ thung lũng Giải Oan hoặc leo bộ theo đường đá khoảng 2 giờ từ chân núi.